PCR的(de)(de)(de)(de)特(te)異性、效率和忠實性是體現一(yi)個(ge)(ge)(ge)PCR實驗的(de)(de)(de)(de)質量(liang)的(de)(de)(de)(de)三個(ge)(ge)(ge)重要指(zhi)標。特(te)異指(zhi)一(yi)個(ge)(ge)(ge)PCR反(fan)應(ying)只產(chan)生一(yi)個(ge)(ge)(ge)擴(kuo)增(zeng)(zeng)產(chan)物，即(ji)預期的(de)(de)(de)(de)靶序列。效率指(zhi)每個(ge)(ge)(ge)循環里擴(kuo)增(zeng)(zeng)的(de)(de)(de)(de)實際(ji)產(chan)物的(de)(de)(de)(de)量(liang)與理論(lun)上應(ying)該達到的(de)(de)(de)(de)量(liang)的(de)(de)(de)(de)接近程度。忠實是指(zhi)在PCR反(fan)應(ying)過(guo)程中，由DNA聚(ju)合(he)酶(mei)誘導的(de)(de)(de)(de)錯(cuo)配(pei)是可以忽略(lve)不計的(de)(de)(de)(de)。

　　這(zhe)三個參數中的(de)(de)(de)每一(yi)個都受到PCR反(fan)應(ying)(ying)中眾多成分的(de)(de)(de)影響，包(bao)括緩沖體系、酶、模板(ban)甚至(zhi)PCR循(xun)環程序，但遺憾(han)的(de)(de)(de)是，高(gao)(gao)(gao)特異性(xing)(xing)(xing)的(de)(de)(de)反(fan)應(ying)(ying)條(tiao)件與高(gao)(gao)(gao)產(chan)(chan)量(liang)的(de)(de)(de)反(fan)應(ying)(ying)條(tiao)件并(bing)不一(yi)致，同時(shi)(shi)高(gao)(gao)(gao)保真也往往導致低產(chan)(chan)率。因此在設計(ji)PCR實(shi)驗(yan)時(shi)(shi)，要根據實(shi)驗(yan)目的(de)(de)(de)，有針對(dui)性(xing)(xing)(xing)地(di)對(dui)這(zhe)三個參數有側(ce)重地(di)優化(hua)。如(ru)在片段長度多態性(xing)(xing)(xing)分析時(shi)(shi)，PCR產(chan)(chan)物的(de)(de)(de)產(chan)(chan)量(liang)和(he)特異性(xing)(xing)(xing)就比忠(zhong)實(shi)性(xing)(xing)(xing)重要;而若(ruo)是研究個別DNA分子或(huo)稀有突變(bian)，忠(zhong)實(shi)性(xing)(xing)(xing)的(de)(de)(de)重要性(xing)(xing)(xing)不言而喻(yu)。

　　特異性是PCR的(de)(de)基礎，它(ta)首(shou)先(xian)取決于引物(wu)設計(ji)與模板的(de)(de)互補(bu)。一套理想的(de)(de)引物(wu)能有效地(di)與靶(ba)序列雜(za)(za)交(jiao)，而與模板中出(chu)(chu)現的(de)(de)其它(ta)序列的(de)(de)雜(za)(za)交(jiao)可以忽略不計(ji)。一般(ban)引物(wu)與模板中非靶(ba)序列發生4個或(huo)更少連續堿基互補(bu)都不會在電泳(yong)時體(ti)現出(chu)(chu)來。

　　PCR反應的(de)(de)效(xiao)率(lv)影響特(te)異性產物的(de)(de)積(ji)累，根據Chien等人給出的(de)(de)靶序(xu)列(lie)的(de)(de)累積(ji)與循環數(shu)的(de)(de)函數(shu)關系，擴增(zeng)效(xiao)率(lv)高的(de)(de)時(shi)期為29個循環之前的(de)(de)指數(shu)增(zeng)，之后(hou)每次循環的(de)(de)效(xiao)率(lv)就開(kai)始大大降低，產物停止指數(shu)積(ji)累，此時(shi)理論上(shang)靶序(xu)列(lie)的(de)(de)拷(kao)貝(bei)數(shu)已(yi)達到(dao)1012，而1012拷(kao)貝(bei)的(de)(de)特(te)定序(xu)列(lie)對于絕大多(duo)(duo)數(shu)分子生(sheng)物學實驗已(yi)滿足要求(qiu)，且PCR的(de)(de)許多(duo)(duo)應用尤其是定量實驗都(dou)要求(qiu)擴增(zeng)在指數(shu)生(sheng)完成，因(yin)此，一般PCR反應都(dou)在29個循環之前取出，沒有必要再增(zeng)加循環數(shu)。

　　PCR反應的忠實(shi)性主(zhu)要與(yu)酶(mei)(mei)有(you)(you)關(guan)，雖(sui)然可以通過(guo)改變反應緩沖液(ye)的條件大大提高(gao)忠實(shi)性，但是也遠(yuan)比不上更換高(gao)保真的聚(ju)合(he)酶(mei)(mei)的效果(guo)。聚(ju)合(he)酶(mei)(mei)的高(gao)保真能力體現(xian)在(zai)其擁(yong)有(you)(you)3’→5’的外(wai)切酶(mei)(mei)校正(zheng)活性。需要指(zhi)出的是，不論(lun)是否使用高(gao)保真的聚(ju)合(he)酶(mei)(mei)，PCR的過(guo)程都有(you)(you)可能有(you)(you)錯誤(wu)堿(jian)基滲入，因(yin)此在(zai)對忠實(shi)性有(you)(you)要求的實(shi)驗中(zhong)，經(jing)PCR得到的序列必須測序驗證(zheng)。